Rencana penelitian yang diajukan mahasiswa dikonsultasikan dengan komisi pembimbing untuk disempurnakan agar siap untuk diajukan ke dalam seminar proposal. Konsultasi mahasiswa kepada pembimbing disyaratkan mengisi tahapan –tahapan konsultasi dengan menggunakan kartu konsultasi bimbingan tesis. Rencana penelitian yang sudah berbentuk proposal dievaluasi dalam seminar terbuka proposal tesis. Seminar ini dihadiri oleh 2 orang komisi pembimbing, 2 orang penguji, dan para dosen, serta para mahasiswa serta bersifat terbuka. Seminar Proposal ini merupakan mata kuliah yang diwajibkan dengan nilai 1 SKS. Dalam seminar ini dosen dan mahasiswa lainnya dapat memberikan masukkan dan kritikan atas metode dan isi dari rencana penelitian. Penilaian terhadap rencana penelitian menggunakan format pedoman penilaian yang telah ditetapkan oleh Program Magister Ilmu Pemerintahan.

Seminar dilakukan setelah mahasiswa selesai menuliskan laporannya dan mendapatkan persetujuan dari dosen pembimbing karena sudah dianggap layak untuk diujikan. Jumlah penguji terdiri dari 2 orang penguji di luar komisi pembimbing dan komisi pembimbing yang terdiri dari 2 orang. Dalam forum ini komisi pembimbing sekaligus juga bertindak selaku penguji tesis. Penilaian terhadap tesis menggunakan format pedoman penilaian yang telah ditetapkan oleh Program Magister Ilmu Pemerintahan.

Untuk menjamin mutu tesis, Prodi langsung menyerahkan kepada komisi pembimbing dan penguji tesis. Sistem kerja penjaminan mutu tesis adalah; proposal tesis masuk ke Prodi, kemudian Prodi menyerahkan proposal tersebut kepada komisi pembimbing dan penguji tesis untuk melihat mutu tesis sesuai kompetensinya. Komisi pembimbing dapat mengevaluasi proposal tesis yang masuk apakah dapat diteruskan ataukah tidak. Jika dapat diteruskan, tim penjamin akan memberikan catatan terhadap proposal bila terdapat kekurangan agar ada perbaikan. Selanjutnya proposal tersebut diserahkan kembali kepada mahasiswa yang kemudian dosen pembimbing melaksanakan bimbingan atas mahasiswa yang mengajukan proposal tersebut dan mahasiswa diberikan kesempatan untuk memperbaikinya jika perlu dilakukan perbaikan.